El humus contiene bacteria y protozoos que nutren el suelo, ofreciendo un entorno adecuado para el desarrollo de sistemas radiculares y reduciendo el riesgo de aparición de enfermedades. Dichas bacterias fijan el nitrógeno y lo convierten en una forma fácilmente asimilable por las plantas. Por su parte, los protozoos liberan también nitrógeno que ayuda a la asimilación de las bacterias y los hongos por parte de las cepas.
Las bacterias acumuladas en el humus de lombriz favorecen la descomposición de la materia orgánica muerta. Y, por su parte, los hongos simbióticos del humus, concretamente el hongo micorriza, coloniza las raíces de las plantas y hace que el fósforo sea soluble, estimulando el crecimiento del sistema radicular y aumentando la resistencia de las cepas a las enfermedades y las inclemencias del tiempo. Por último, hay que destacar que también los nematodos tienen una función importante en todo este proceso, alimentándose de las bacterias y los hongos no deseados y liberando otros beneficiosos. Todos estos procesos ayudan a conservar un nivel constante de PH en el suelo.
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